Interaksi mikroba dengan produk pangan dapat merugikan dan menguntungkan manusia. Interaksi yang merugikan dapat menyebabkan kerusakan atau pembusukan pangan, menyebabkan penyakit pada manusia yang mengkonsumsi. Pangan yang tercemar mikroba berbahaya untuk dikonsumsi karena mikroba dapat menghasilkan racun atau toksin pada produk pangan. Interaksi yang menguntungkan dapat menghasilkan produk fermentasi.